咸丰年间,太平军与清军在苏浙皖一带进行了激烈的战斗。这时疫疾伴随著战争而起。

咸丰三年(1852年),江苏南部大早,史书称「赤地千里」。这一年,正是太平军攻克南京后,清政府在南京周围设立了江南、江北大营,太平军与清军在江苏战场双方进行殊死搏斗之时。由于战斗激烈,尸横遍野,城内城外,双方士兵的死尸都无法掩埋,大热天骄阳似火,死去的人不到一天就发臭腐烂,南京一带臭气熏天,为疫病的流传提供了最佳的环境。不久疫病在双方士兵中弥漫流传开来,城内城外死者无数。

咸丰六年(1856年),太平军围颍上,与清军发生激战,「南北城外,尸积累累」。由于清军进行了强有力的抵抗,太平军进攻受挫,不得不撤围,但这时城中疾疫大起,死了三千多人。

咸丰十年(1860年),为解天京之围,攻破清军江南大营,太平军由皖南芜湖奔袭浙江,攻佔了江南大营重要的粮饷基地杭州。由于战乱,浙北的嘉兴、湖州两府疫情严重。沈梓在《避寇日记》,七月十七日,记道,湖州乌镇大疫达到高潮时,几乎每十户人家中死去二人左右。九月嘉兴秀水县濮院镇,每日死去约四五十人,棺材店来不及生产棺材,价格飙升。新塍镇瘟疫流行也十分严重,死者无数。九月初六以后,天涔涔降雨不停,空气潮湿阴沉,「阴惨之气逼人」,在这样的天气环境之下,瘟疫再次出现,濮院镇每日死者达五六十人。正常人一旦染病,最初症状都像得了伤寒,时间长的二天左右,短的则一昼夜,最短的仅半日,就不治身亡。疫病传播速度极快,染病以后又必死无疑,使人心大乱,直到九月二十三、二十四日,连续不断的阴雨天才告一段落,疫病流行才算度过了高峰期。

咸丰十年(1860年)五月以后,太平军与清军在苏南激战,苏南一些地方发生了比较严重的瘟疫。佚名的《平贼纪略》记述了无锡六、七、八月的情形是「疫气盛行,死亡相借」。龚又村《自怡日记》对常熟疫病的流传记录颇详。五月,大批常州、无锡、苏州难民湧向常熟。一些收养难民的个人和机构应接不暇,只能把他们安排在一些祠堂的内外。难民所居之处卫生条件恶劣,妇哭儿啼,随地大小便,他们生活困苦,只能「借佔寝地」,睡在地上,从而「酿成温疾」,引起疫病,并在难民中流传开来,一时死亡相继。至七月间,附近难民再次湧来,因无力再接待难民及其生病者,只能限额收容,劝他们投奔别处去。这些难民中的得病者因感到医治无望,甚至有投河而死的人。由于「疠气所蒸」,疫病无法控制,死亡人数增多,约佔难民的二三成。未得病者看到后,害怕得都纷纷逃到别处去了。这一年的秋冬之交,吴县一带也出现了大瘟疫,染病死亡较多,难民饿死、冻死在路上的随处可见。吴县总人口减少了一半左右。

咸丰十一年四月,阴雨和饥荒之后,安徽许多地方又出现了严重的疫疾。如徽州,本在太平军和清军的战乱中,死伤仅「十之二三」。当时乡村粮食全部被吃尽,米价每升涨至二干钱,肉每斤五六百钱,老百姓一天只能吃上一顿饭。伴随著饥饿,徽州发生了大疫疾,因疫死亡的高达十之六七,染病死亡者高于阵亡者。至七月,在浙江战场,左宗棠率湘军在婺源击败太子军,但部队却感染上了疫病,大批士兵因病无法行动,死亡人数超过千人。经过数月的围攻,清军攻克了安庆城,但安庆城内也是瘟疫大作,「死者十有八九」,疫疾传播既广又重。饥荒疾疫比战事本身的伤亡实际数量来得更大,危害更为严重。

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